Po vzniku republiky byl 2. března 1919 fakultě propůjčen název Cyrilometodějská bohoslovecká fakulta, počet stolic byl rozšířen o staroslověnský jazyk a literaturu, srovnávací vědu náboženskou, křesťanskou sociologii, semitské jazyky a pomocné vědy biblické Starého zákona. V roce 1931 bylo studium rozšířeno ze čtyř na pět let, počet bohoslovců vzrostl z 86 v roce 1919 na 315 v roce 19
35.
V závěru roku 1939 byla teologická fakulta stejně jako ostatní vysoké školy uzavřena, seminář rozpuštěn a většina bohoslovců zařazena na nucené práce do Německa, profesoři nesměli přednášet. Vypomohlo dominikánské a kapucínské učiliště, kde mohli pokračovat ti, kteří z různých důvodů unikli totálnímu nasazení v Německu.
Po druhé světové válce v roce 1945 byly seminář i fakulta obnoveny, děkanem byl zvolen ThDr. František Cinek, který se spolu s prof. J. L. Fischerem a dalšími osobnostmi zasadil za obnovu celé olomoucké univerzity. K obnovení došlo 21. února 1946. Univerzita dostala název Univerzita Palackého a do jejího svazku byla inkorporována také bohoslovecká fakulta.
Dne 14. července 1950 byla Cyrilometodějská bohoslovecká fakulta i seminář zrušeny, budovy a veškeré zařízení zabaveny. Bohoslovci mohli pokračovat ve studiu na jediné bohoslovecké fakultě v Litoměřicích pod dohledem státních úřadů, což mnozí odmítli a byli pak povoláni „na vojnu“ - k proslulým PTP - pracovně technickým praporům. Někteří profesoři byli penzionováni, jiní přeřazeni do duchovní správy, nejeden byl pronásledován a vězněn.
V letech 1969-1974 působila v Olomouci pobočka litoměřické teologické fakulty ve stísněných prostorách arcibiskupství, ale tato obnovená přítomnost teologické výuky a vědy v Olomouci byla pouze přechodná a nebyla zakotvena ve strukturě Univerzity Palackého.